Nas últimas décadas, a Lagoa das Sete Cidades (Ilha de São Miguel, Açores) tem sido afectada por um lento processo de eutrofização que, recentemente, conduziu a um agravamento da sua qualidade química e ecológica. Para avaliar o estado actual da Lagoa e monitorizar a sua evolução foi implementado um sistema de monitorização in continuum, baseado numa estação remota multiparamétrica e em análises periódicas do fitoplâncton. A monitorização in continuum permitiu caracterizar a evolução sazonal dos parâmetros físico-químicos, verificando-se uma rápida transição entre os períodos de mistura e estratificação da massa de água. O desenvolvimento da estratificação térmica foi determinante na evolução da comunidade fitoplanctónica.